耶鲁大学的分子生物物理与生物化学硕士（M.S.）学位仅授予已被录取为博士（Ph.D.）项目的学生，且不单独招生。该学位可授予在完成至少两个学期研究生学习并满足课程要求但不继续攻读Ph.D.的学生。研究领域包括DNA结构与动态、转录调控、RNA酶及其作用机制、蛋白质折叠与设计、信号转导、细胞周期调控、结构与计算生物学等。学生需完成不少于十门相关课程（其中至少五门为研究生可计学位课程），并须达到学校Honors和High Pass平均分要求。