数学－力学系
数学系是1819年建校时仅有的三个系之一。数学－力学系与数学和力学科研所、计算中心、天文台一起，构成了圣彼得堡市最大科研中心之一。系里有一批高水平的教师，现代化的教学和科研实验室，计算机终端教室。担任教学工作的有52名教授，80多名副教授和物理－数学副博士。专业：数学、力学、天文学
物理系
3年级第2学期，学生开始深入学习所选物理学专业门类，并安排到相应的教研室以钻研有关专业。4年级以后去研究所和工厂实验室实习。担任物理系教学和教研工作的有40多位教授，物理－数学博士和150多位物理－数学副博士。专业：物理专业、无线电物理和电子学专业、固体物理学专业、地球物理学专业、计算物理专业。
化学系
专业：无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、射电化学
生物－土壤系
（学习期限5年）专业：生物学、生理学、植物学、微生物学、农业化学、土壤学
地理与地理生态系
专业：自然地理、经济和社会地理、制图学、地貌学、气候学、陆地水文学、海洋学、植物地理、地理生态学
地质系
专业：普通地质学、历史地质学、古生物学、岩石学、结晶学、水文地质学、地质学、地球物理探矿、地质学、放射性元素
应用数学－程序控制系
专业：计算机和计算技术工具的使用、电子计算机的数学固件、组织和社会经济系统的数学固件
社会学系
专业：社会学理论和历史、应用社会学和部门社会学、社会管理和计划、个人和社会发展理论、社会分析和数学方法在社会学的运用方法
经济系
专业：政治经济学（社会主义政治经济学、发达的资本主义国家经济学、发展中 国家经济学）、经济控制论、经济学和科研与设计管理
历史系（1918）
专业：俄国历史、俄国政党史、苏联社会史、近代和现代史、中世纪史、古希腊和罗马史、考古、艺术史、民族学和人类学
哲学系
专业：哲学科（设有8个专业化门类）、辩证唯物主义、历史唯物主义、物理学的哲学问题、生物学的哲学问题、逻辑学和控制论、伦理学和美学、科学无神论、哲学史、科学共产主义科
法律系
法律系是本大学最早设立的三个系之一
专业：国家和法的理论和历史、国家法和行政法、民法、刑法、土地和集体农庄法、国际法、劳动法、刑事诉讼程序和罪行调查学、民事诉讼程序
心理学系
专业：普通心理学、工效和工程心理学、教育学和教育心理学、社会心理学、政治心理学、 体育和职业活动心理保障
东方系
专业：阿拉伯语、非洲学、印度语、伊朗语、汉语、蒙古语、突厥语、日语、远东诸国历史、近东诸国历史、伊朗史、古代东方史
语言系
语言系是本大学历史最久、人数最多的系之一 。专业：俄罗斯语言和文学、英语、英语和文学、英语翻译、德语、法语、西班牙语、意大利语、葡萄牙语、匈牙利语、瑞典语、现代希腊语和文学、保加利亚语、捷克语、捷克语和文学、保加利亚塞尔维亚语和文学；语言理论；语音学和修辞功能学；实用语言学；古语言学；圣经学；实用信息学；
新闻系
新闻系的硕士学位招收具有两年以上工龄并在文学或新闻工作中卓有成绩的人
其他
国际关系系、管理系、医学系体育系
圣彼得堡大学实施学分制，可完成三个阶段的学习：
本科学士，学期为4年（有些专业根据要求5年）
硕士 2年
博士 3年
大部分基础学科专业课堂教学使用俄语。圣彼得堡大学可以提供若干语种的硕士研究生学习：英语，德语，西班牙语和意大利语。2012年圣彼得堡大学恢复博士学位自主授予权。继续教育有多个专业方向，外国学生选择最多的是“对外俄语”相关专业。
1、物理
2、化学
3、地质学
4、生物学