学校本科学部设有：文学部、法学部、经济学部、医学部、口腔学部、理学部等共12个学部。
研究生院设有：文学研究生院、法学研究生院、经济学研究生院等共18个研究生院。
北海道大学重视实学这一理念，有效利用北海道的地域特色进行学术创新的同时，通过拓展产业、学校、政府间的协作，将研究成果还原于北海道、日本乃至世界。北海道大学力图在通过研究生院教育培养高级专家及职业人才的同时，进一步充实对在职人员的教育。
1、农业与环境工程
2、建筑
3、工程管理